针对蔬菜、花卉等小粒种子清选难度大、效率低的问题，设计了一种适用于多品种、小批量种子加工的小型窝眼筒清选机。阐述了整机结构组成及基于长度分离原理的工作过程，建立了窝眼筒极限转速、分离槽倾角、窝眼排列间距等关键参数的数学模型。分析了窝眼直径、筒体转速、分离槽倾角及物料特性对清选效果的影响规律，提出了窝眼直径按种子长度0.8~1.4倍选取、筒体长径比2.0~3.0、倾角10°~20°的优化参数组合。试验表明，该机对生菜种子的清选生产率达50 kg/h，清选后种子净度≥98%，达到国家标准三级良种要求，可为小粒种子的高效清选提供技术支撑。