随着国家《种业振兴行动方案》的部署实施，种子安全被提升到新高度。以严惩种子制假售假为目的的销售伪劣种子罪成为涉种犯罪的典型罪名。通过对典型案例样本的深入分析发现，销售伪劣种子罪的司法认定中存在损失金额认定标准不一、伪劣种子认定标准不一、关联犯罪间边界不清、同案不同判现象突出等问题。解决销售伪劣种子罪司法认定中存在的问题，完善销售伪劣种子罪司法认定机制，需要完善损失金额的认定标准，并以实质标准明确伪劣种子的司法认定，同时需要准确区分关联犯罪间的边界，并切实纠正重指控轻辩护问题。