大食物观视域下，农业安全关乎国家粮食安全，而粮食生产的关键还在于种子的质量与多样性。以国内10家A股上市种子企业为例，从创新投入、创新产出、创新环境3个方面构建指标体系，利用TOPSIS灰色关联投影法计算灰色关联投影贴近度，通过二次加权计算，对我国种业创新能力进行动态综合评价。研究发现，我国种子企业的整体创新能力较低且存在很大的差异，产业发展不平衡问题突出，具有较大的发展空间。基于此，提出以下建议：企业应加大研发投入，扩大研发队伍；政府应对不同类型种子企业制定不同扶持政策，并加大对创新成果的保护，促进种业健康发展。