作物种子质量是决定该品种推广的关键。从国家实施种子审定绿色通道制度以来，我国以玉米为代表的作物品种呈逐年井喷式发展，而种源狭窄导致育成品种同质化严重，种子质量参差不齐，企业竞争力不足。此外，由于转基因作物在抗虫、抗病性等方面较普通种具有优势，且近年来受灾害性极端气候环境影响，外加农村劳动力转移等问题，导致农业生产效率不高。种子认证制度是控制种子质量的主要途径，是发达国家在种业发展这条道路上较为成功的制度和经验。我国种子认证工作起步较晚，转基因作物品种的推广蓄势待发，需要未雨绸缪，建立完善的溯源体系来保证转基因种子的安全性。研究转基因种子认证体系，应当做到全程可溯源，全程质量可控，并从根本上避免常见的种子质量问题。就转基因农作物获得安全证书及产业化应用中遇到的问题进行初步探究，从回交转育到转基因种子生产、销售及应用过程中潜在的问题进行分析，为建立全面切实可行的转基因种子认证方案提供指导，为转基因种子产业化提供保障。