为提高种子纯度检测效率，选用两系杂交稻豪两优 729 及其亲本自交系 63-8S、R729 作为试验材料，采用 SSR 标记结合聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术，筛选出适用于鉴定豪两优 729 种子纯度的特异引物 RM336。采用毛细管电泳检测技术鉴定了 4 个豪两优 729 分户样的纯度，与田间正季鉴定结果一致。分析比较了聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术和毛细管电泳检测技术，综合多方因素，建议在引物筛选阶段选择聚丙烯酰胺凝胶电泳检测技术，在大量材料分析检测时，毛细管电泳检测技术的高效率优势不言而喻。