SSR 分子标记荧光毛细管电泳在农作物种子质量检测中常用于种子真实性检测、种子纯度鉴定和指纹数据库的构建。试验过程中模板 DNA 浓度、特异峰型的统计分析以及仪器设备运行和维护、试验结果与指纹数据库的比对等关键环节都直接影响待测样品的结果判定。就检测中遇到的问题进行分析，并提出相应的解决方法，以期为农作物种子质量检测荧光毛细管电泳技术平台提供参考。