种业基地是打好种业翻身仗的关键战场。为了理清影响现代种业基地高质量发展的因素，解决种业基地发展中存在的关键问题，提升种业基地的发展质量，文章以北京市农林科学院通州科技园区为例，以鱼骨图形式呈现和分析影响现代种业基地高质量发展的各项因素，用层次分析法计算和限定各项因素所占权重。结果表明，在准则层中影响现代种业基地高质量发展的因素依次是政策形势方面，其权重值最高，达到0.4787，人员方面，权重值为0.2912； 资源与环境方面、基地运行管理方面、其他方面权重值分别为0.1319、0.0648、0.0335；在指标层中，影响现代种业基地高质量发展的前6个因素为政策执行问题、科研人员问题、政策制定问题、土地问题、管理人员问题、基地服务能力问题。针对关键性影响因素，提出了政策形势、人员、资源与环境、基地运行管理等方面的应对措施建议，以期为我国现代种业基地实现高质量发展提供决策参考。