三红蜜柚和琯溪蜜柚均是梅州市蜜柚主产区大面积种植的品种，三红蜜柚是琯溪蜜柚 2 次芽变后选育得到的优良品种，水晶香柚是三红蜜柚芽变后选育出的新品种。目前对 3 个品种之间的遗传相似性的认识仅限于表型性状描述和经验为主，为进一步挖掘 3 者的亲缘关系和遗传多样性信息，对三红蜜柚、琯溪蜜柚、水晶香柚进行了全基因组测序（总数据量 30×），系统地比较了 3 个品种单核苷酸多态性（SNP）、插入 / 缺失（InDel）、结构变异（SV）、品种拷贝数变异（CNV）序列差异。对 3个品种的农艺性状进行了比较，在全基因组水平解析其遗传差异，为今后柚子育种改良中更好地利用三红蜜柚、琯溪蜜柚和水晶香柚提供了重要遗传信息。