农作物种子生产经营备案在种业市场监管中存在备案率低、生产经营主体重复备案、备案数据不准确等问题，增加了备案管理工作量，影响了正常的市场监管工作。不能形成完整的种子生产经营流通溯源管理，为种子生产经营企业提供有效的种子生产、销售数据，造成企业之间无序生产，种子积压，企业亏损运转困难，各级种子管理部门也不能有效利用种子生产经营备案更好地为企业服务，指导企业进行种子生产销售。针对存在的问题探讨种子生产经营备案主体法律地位，完善备案系统，施行备案主体分类管理，加强备案主体责任，充分发挥种子生产经营备案在市场监管中的作用，更好地为种业企业服务，确保农业生产用种安全。