为评估东北地区受保护大豆品种遗传多样性，利用40对SSR引物结合荧光毛细管电泳技术，构建了182份东北地区已授予植物新品种权的大豆品种DNA指纹库。182份大豆品种共扩增出266种基因型，每对引物的等位变异数为4-20种不等，平均每对引物产生11.05种基因型。聚类分析结果表明，182份大豆品种之间的遗传相似系数的变化范围是0.4887-1.0000，平均相似系数为0.7785，遗传基础较窄。聚类结果显示，182份大豆品种可聚合成13大类，黑农系列品种间、垦豆系列品种间聚合紧密，遗传基础相对较窄，合农系列品种间、吉育系列品种间、绥农系列品种间距离较远，遗传基础相对较宽。考察3个DNA指纹相同的品种合农75、合丰50号、龙垦335的田间表型，发现合农75与合丰50号表型差异较小，合农75与龙垦335表型差异较大，因此DNA指纹图谱库可以为特异性（可区别性）判定时辅助筛选近似品种提供参考，但品种特异性（可区别性）的最终判定还需要依靠田间种植对比试验。