以188份杂交水稻扬两优6号种子样品为材料，分别做SSR分子检测和正季田间种植鉴定。将两种鉴定方法的结果进行配对t检验和相关分析，其结果表明两种鉴定方法的结果无显著差异，相关系数r=0.79，并通过DPS数据分析软件求得其回归方程为：y=14.6449 0.8504x。说明利用SSR分子标记法鉴定杂交水稻扬两优6号纯度是可行的，鉴定结果准确可靠。