自然灾害对包括种子生产在内的农业生产用种产生影响．主要反映在两方面．一个是对发生自然灾害时（当年）农业生产用种的影响，由于成灾时往往已过原播作物的播种期．再补播农时季节不能满足其生长期需要．贮备原播作物种子于当年自然灾害无补。当原播作物为主要农作物时尤其如此。而能够抢播、补播的往往是短日期作物种子：另一个是对发生自然灾害次年农业生产用种的影响．发生自然灾害当年种子歉收，如果上一个种子生产经营周期库存（积压）种子数量少。