以育成的 14 个籼型水稻两用核不育系为材料，利用水稻 SNP 标记，分析水稻两用核不育系的遗传多样性，构建SNP 分子指纹图谱，同时检测水稻主要病虫害抗性基因及品质基因的分布。结果表明，1K 水稻 SNP 芯片共筛选出 3302 个多态性标记位点，这些多态性位点 PIC 平均值为 0.264，最高仅为 0.375；聚类分析结果发现，遗传距离最近的 2 个品种，仅有 51个差异位点，表明这些不育系材料的多样性较低，遗传基础较为狭窄，同质化严重；通过比对参考品种功能基因，分析水稻褐飞虱、稻瘟病和白叶枯病抗性位点 Bph14、Bph3&15、Bph27、Pi1、Pi2、Pi9、Pigm、Pikh、Pita、Piz、Xa7、Xa21 和Xa23 在15 份材料中的分布，发现这批不育系材料携带的抗性基因较单一；对品质优异基因的分析发现，这些不育系具有较好的外观品质，部分品种具有低镉和香味基因。研究结果为后续的水稻品种抗性遗传改良和品质优异基因利用提供了科学依据。