纯度是玉米杂交种主要的质量指标之一。玉米杂交制种的纯度控制主要包括下列环节：亲本繁殖的质量控制和纯度鉴定；精准决定杂交制种的隔离方案，空间隔离不低于1000米，时间隔离播种时差不小于40天。在苗期、抽雄吐丝期和收获期，分别根据相应的农艺性状的差异，拔除杂株、弱株，剔除杂穗弱穗。在雄穗开始抽穗前一周安排去雄，风雨无阻，每天至少去雄一次。去雄后期要拔除所有迟发株、分蘖苗。父本授粉结束，及时清理全部父本植株，并将其搬运至远离制种田的地方封闭处理。杂交种子在脱粒、翻晒和入库过程中，必须有专人管理和登记，以免和其他材料混杂，发货时必须仔细核对品种名称和发货数量。