利用均匀分布在玉米10条染色体上的63对SSR分子标记，对川西高海拔地区的32份中早熟玉米种质进行遗传多样性分析。SSR标记在63个染色体位点上共检测出298 个等位基因, 每个引物检测到2～10个等位基因，平均4.73个；自交系遗传距离范围0.31～0.79, 平均0.55, 表明川西高海拔玉米育种资源有较丰富的遗传多样性。聚类分析将供试材料分为7个优势类群，分析结果与系谱追踪有较好的一致性；高海拔地方种质遗传类型相对独立。杂种优势利用分析表明，目前已育成品种主要是地方资源和兰卡斯特群体的优势组合，其它类群研究较少，今后还应加强相关研究。