传统的田间小区种植纯度鉴定方法由于时间滞后不能满足种子企业的需求，而现有的SSR标记检测杂交水稻种子纯度的方法，虽能有效鉴定出杂交种的父、母本，但不能将一些混杂的杂株、串粉所致的杂交种区分开，也无法满足种子企业的全面质量信息需求。本文结合自身工作实践，介绍了一种利用筛选的多对SSR分子标记深入检测杂交水稻种子纯度及开展杂株类型定量鉴定的方法，这种方法不仅能更精确的检测杂交水稻种子纯度，还能将种子所含的杂株类型及其各自占比鉴定出来，为种子企业提供更准确、更全面的质量信息和可操作性强的加工处理办法。本方法广泛适用于各种子企业对主营骨干水稻品种的质量监控和生产经营决策。