通过正交试验表L18(37)对水稻ISSR-PCR反应中5个因素(Mg2 ，Taq酶，dNTP，引物和模板DNA)在3个水平上进行优化试验，利用软件SPSS 16.0分析试验中各因素内水平显著性及因素间交互作用，筛选出各因子的最佳水平，建立水稻ISS反应体系，即在25μl的反应体系中含有1譖CR buffer、3mM Mg2 、0.06u/25μl Taq DNA聚合酶、 0.2mM dNTP、0.6μM引物,和2ng/μl模板DNA。并对水稻ISSR最佳反应体系的退火温度和循环次数进行梯度试验，发现ISSR引物855的最适退火温度为50℃，循环次数为40次。这一优化水稻ISSR-PCR反应体系，为进一步对水稻的种质资源鉴定、分子遗传图谱的构建等奠定了良好的基础。