制种基地管理对种子生产、企业发展和农户效益有着深刻的影响，目前中国制种基地管理模式呈现“企业 村委会 农户”、“企业 农户”、“企业 农场化基地”等多样化局面；未来，制种基地管理模式将趋于“企业 土地承包大户”、“企业 土地流转”、“企业 基地农场化”或“企业制种工厂化”模式发展，逐步形成专业化、区域化、标准化的规模制种基地。