农业植物品种权审查程序中申请人（有时可能是代理人，以下统称为申请人）可能遇到的主要手续分两类：一类是法律规定或者农业部植物新品种保护办公室（以下简称农业办公室）指定申请人应当办理的申请审批手续，无正当理由不办理或者逾期办理的，申请将被视为撤回。这些手续主要有：答复农业办公室的各种通知书、缴纳品种权申请的各种费用，缴纳测试和保藏的繁殖材料。另一类是申请人可以依据法律规定，视需要选择办理的请求手续。这一类手续如果不符合要求，农业办公室可作出视为未提出或者需要办理手续补正等通知，一般不会涉及品种权申请本身。这些手续主要有：对申请文件的主动修改和补正、著录项目变更申报和延长期限请求等。